Le cours d’eau, formé de plusieurs sources, prend naissance à la limite de la Nièvre et de la Côte d’Or. Suivant la pente naturelle, il entre dans le département de l’Yonne, coule sous les terrasses d’Avallon avant de jeter dans la Cure. Le Cousin est une rivière de type torrentiel avec des crues à régime rapide tant par leur montée soudaine que par leur décrue. La vallée est classée en zone Natura 2000 de par sa grande biodiversité et la présence d’espèces protégées.